Dois anos e meio se passaram após a partida de Uzumaki Naruto e Jiraiya da vila de Konoha, para um treinamento a parte com Naruto. Logo ao volta a vila os primeiros a encontrá-lo foi Sakura e Konohamaru. Agora Naruto e seus amigos não tem apenas que se preocupar com o resgate de Sasuke, mas também com uma organização chamada Akatsuki, que está atrás dos Jinchuuriki(ninjas que carregam um Bijuu em seu corpo).