A trama se desenvolve em torno de Tomoru Shindo, um estudante comum que vive na "Cidade N° 5", na Terra do ano 2292. Faltando apenas alguns meses para se formar na faculdade, as maiores preocupações de Tomoru são as típicas para um jovem na posição dele: o que fazer após a formatura e finalizar o mais recente jogo lançado para seu Psych-Sim (um tipo de video - game que é ligado diretamente no cérebro).

Mas a vida está para se tornar bem mais complicada! Os sonhos de Tomoru estão sendo invadidos por uma forma de vida misteriosa, de fora do nosso sistema solar, que o alerta quanto a um perigo iminente a todo o planeta e o impulsiona a preparar-se para a batalha. Enquanto ele luta entender esta situação, Michi, uma jovem pesquisadora que trabalha para a inteligência da Earth Defence Force (Força de Defesa da Terra), juntamente com I-Zack, um super computador, correm para desvendar os segredos de uma armadura alienígena. Mas ao que parece, a armadura tem seus próprios planos